保护区科普宣传工作通过线上线下等多种方式开展全方面宣传。建立门户网站，创建微信公众号，充分利用微信群、QQ群、美篇、抖音等新媒体宣传平台，在“3·12”植树节、“爱鸟周”、“野生动物宣传月”、“世界环境日”等重要时机，开展习近平生态文明思想、习近平在黄河流域生态保护和高质量发展座谈会上的讲话精神等宣传，宣传加强黄河流域生态保护和高质量发展对改善生态环境、建设生态文明等方面的重要作用。各保护站利用重要时间节点，深入林区村社、学校等人员集中场所，采取多种宣传方式开展生态环境宣传教育，争取当地群众对生态环境保护工作的支持。通过宣传教育活动的开展，使习近平生态文明思想和“绿水青山就是金山银山”的发展理念深入人心，为做好保护区生态环境保护工作营造良好舆论氛围。

保护区积极与科研院所开展合作交流，与中科院动物研究所、省林科院、小陇山林科所建立长期合作关系，合作争取项目，合作开展科研，学中干、干中学，努力培养科研人才，壮大科研队伍。目前，保护区已成为中国科学院动物研究所、兰州大学、西北师大、西北民族大学、甘肃农业大学林学院等科研单位和大专院校的科学研究、教学实习和科普教育基地，莲花山被中国科学院动物研究所确定为生态定位研究站，被中国动物学会鸟类分会授予“中国濒危雉类研究基地称号”。被中国林学会先后授予“第四批全国林业科普基地”、第五批全国林草科普基地，2020年11月，莲花山保护区被命名为甘肃省青少年生态文明教育实践基地。