莲花山保护区以巡护体系建设为重点，对辖区内森林资源、野生动物资源和生态环境进行了常年巡护监测，为保护区管理及科研提供了依据。一是2006年开展了样线监测，在保护区设定了28条监测样线，每条样线确定了2－3个控制点，基本涵盖了保护区的全境。至目前，共进行样线监测4935次，记录野生动物实体20595只（次），积累照片资料6078张，GPS航迹4918条，基本掌握了保护区内主要野生动植物的种类、数量、分布区域、栖息地状况等基础信息，为科研监测工作积累了数据。二是2014年开始在全区范围内开展野生动物红外线监测，购置红外感应自拍相机，对保护区野生动物种群、分布动态进行监测。共收集到野生动物有效照片511张，视频资料281段，监测到国家Ⅰ级野生保护动物斑尾榛鸡1种，监测到国家Ⅰ级野生保护动物有斑尾榛鸡1种，国家Ⅱ级野生保护动物有狍、血稚、蓝马鸡等3种，“三有”野生动物有狼、赤狐、猪獾、野猪、草兔、豹猫、黄鼬、花鼠、褐冠山雀、灰头灰雀、大噪鹛、橙翅噪鹛、黑额山噪鹛、北红尾鸲、宝兴歌鸫等15种。连续监测结果表明，保护区内野生动物的种类和数量逐年增多，分布和活动区域进一步扩大。