莲花山保护区管护中心下设办公室、组织人事科、纪检科、计划财务科、资源管理科、科研管理科（森防站）、火灾预防科、信息宣传科、生态工程管理科等9个职能科室，上东山、沙河滩、唐坊滩、八度、磨沟、九甸峡6个基层保护站，下辖1个木材检查站。